細胞染色常用方法主要包括以下幾個即：
1.簡單染色法，常用堿性染料如美藍等進行簡單染色;
2.革蘭氏染色法，主要包括結晶紫初染、dian液媒染、乙醇(或丙酮)脫色以及番紅復染四個過程;
3.瑞氏染色法，瑞氏染料溶劑主要是由伊紅美藍組成;
4.吉姆薩染色法，吉姆薩染色原理與結果和瑞特染色法基本相同;
5.細胞免疫熒光染色法，免疫熒光染色的主要原理是利用抗原抗體之間的特異性結合。
十五種細胞染色試劑
1、 酸性品紅(Acid fuchsin)酸性品紅是酸性染料，呈紅色粉末狀，能容於水，略溶於酒精(0.3%)。是良好的細胞制染色劑，在動物制片上應用很廣，在植物制片上用來染皮層、髓部等薄壁細胞和纖維素壁。它跟甲基綠同染，能顯示線粒體。組織切片在染色前先浸在帶酸性的水中，可增強它的染色力。酸性品紅容易跟堿起作用，所以染色過度，易在自來水中褪色。
2、 剛果紅(Congo red)剛果紅是酸性染料，呈棗紅色粉末狀，能溶於水喝酒精，遇酸呈藍色。它能作染料，也用作指示劑。它在植物制片中常作為蘇木精或其他細胞染料的襯墊劑。用來染細胞質時，能把膠制或纖維素染成紅色。在動物組織制片中用來染神經軸、彈性纖維、胚胎材料等。剛果紅可以跟蘇木靜作二重染色，也可用作類淀粉染色，由於它能溶於水和酒精，所以洗滌和脫水處理要迅速
3、甲基藍(Methyl blue)甲基藍是弱酸性染料，能溶於水和酒精。甲基藍在動植物的制片技術方面應用極廣。它跟伊紅合用能染神經細胞，也是細菌制片中*的染料。它的水溶液是原生動物的活體染色劑。甲基藍極易氧化，因此用它染色后不能長久保存。
4、固綠(Fast green)固綠是酸性染料，能溶於水(溶解度為4%)和酒精(溶解度為9%)。固綠是一種染含有漿質的纖維素細胞組織的染色劑，在染細胞和植物組織上應用極廣。它和蘇木精、番紅并列為植物組織學上三中常用的染料。
它和蘇木精、番紅并列為植物組織學上三中常用的染料。
5.苯胺藍(Aniline blue)是一種混合酸性染料，平常所用很難有一定的標準。此染料一般很難溶於水，也不易溶於酒精(1.5%)。植物制片中可與番紅合用，作為組織染色;也可作藻類植物染色。因為這種染料的成分很不一致，染色效果不易掌握。
6、蘇丹Ⅲ (Sudan Ⅲ)蘇丹Ⅲ是弱酸性染料，不溶解於水，呈紅色粉末狀，易溶於脂肪和酒精(溶解度為0.15%)。常用70%酒精中的飽和溶液。蘇丹Ⅲ是脂肪染色劑。
7、蘇丹Ⅳ (Sudan Ⅳ)蘇丹Ⅳ是弱酸性染料，也是很好的染脂肪染料，現在多用以代替蘇丹Ⅲ，可染樹脂、乳汁管、蠟質以及角質等結構，也可使葉綠體染成暗紅色。
8、伊紅(Eosin)這類染料種類很多。常用的伊紅Y，是酸性染料，呈紅色帶藍的小結晶或棕色粉末狀，溶於水(15攝氏度是溶解度達44%)和酒精(溶於*的溶解度為2%)。伊紅在動物制片中廣泛應用，是很好的細胞質染料，常用作蘇木精的襯染劑。
9、堿性品(復)紅(Basic fuchsin)堿性品紅是堿性染料，呈暗紅色粉末或結晶狀，能溶於水(溶解度1%)和酒精(溶解度8%)。堿性品紅在生物學制片中用途很廣，可用來染色膠原纖維、彈性纖維、嗜復紅性顆粒和中樞神經組織的核質。在生物學制片中用來染維管束植物的木質化壁，又作為原球藻、輪藻的整體染色。在細菌學制片中，長用來鑒別結核桿菌。在爾根氏回應中用作組織化學試劑，已核查脫氧核糖核酸。
10、 結晶紫(Crystal violet)結晶紫是堿性染料，能溶於水(溶解度9%)和酒精(溶解度8.75%)。結晶紫在細胞學、組織學和細菌學等方面應用極廣，是一種優良的染色劑。它是細胞核染色常用的，用來顯示染色體的中心體，并可染淀粉、纖維蛋白、神經膠質等。凡是用番紅和蘇木精或其他染料染細胞核不能成功時，用它能得到良好的結果。用番紅和結晶紫作染色體的二重染色，染色體染成紅色，紡錘絲染成紫色，所以也是一種顯示細胞分裂的優良染色劑。用結晶紫染纖毛，效果也很好。用結晶紫染色的切片，缺點是不易長久儲存。
11、龍膽紫 (Gentian violet)龍膽紫是混合的堿性染料，主要是結晶紫和甲基紫的混合物。在必要是，龍膽紫能跟結晶紫互相替用。醫藥上用的紫藥水，主要成分是甲基紫，需要時能代替龍膽紫和結晶紫
12、 中性紅(Neutral red)中性紅是弱堿性染料，呈紅色粉末狀，能溶於水(溶解度4%)和酒精(溶解度1.8%)。它的堿性溶液中呈現黃色，在強堿性溶液中呈藍色，而在弱酸性溶液中呈紅色，所以能用作指示劑。中性紅無毒，常做活體染色的染料，用來染原生動物和顯示動植物組織中活細胞的內含物等。陳久的中性紅水溶液，用作顯示尼爾體的常用染料。
13、番紅(Safranin)番紅是堿性染料，能溶於水和酒精。番紅是細胞學和動植物組織學生常用的染料，能染細胞核、染色體和植物蛋白質，示維管束植物木質化、木栓化和角質化的組織，還能染孢子囊。
14、亞甲藍或美藍(Methylene blue)亞甲藍或美藍是堿性染料，呈藍色粉末狀，能溶於水(溶解度9.5%)和酒精(溶解度6%)。亞甲藍是動物學和細胞學染色上十分重要的細胞核染料，其優點是染色不會過深。
15、甲基綠(methyl green)甲基綠是堿性染料。它是綠色粉末狀，能溶於水(溶解度8%)和酒精(溶解度3%)。甲基綠是有價值的細胞和染色劑，細胞學上常用來染染色質，跟酸性品紅一起可作植物木質部的染色
