隨著測序等技術的發展，人們對微生物多樣性的認識也越來越全面，并發現有很多環境中存在的微生物并不能在固體培養基上生長。長期以來，研究人員一直試圖找出限制微生物生長的因素，希望從環境樣品中盡可能多的分離培養高多樣性以及新微生物物種。目前比較廣泛應用的方法包括:微生物的原位培養，微流控技術，以及配制不同營養成分的培養基以更好地讓微生物們在培養基上生長等。但是在實踐中，研究者發現總的微生物數量和可培養的微生物之間經常存在著差異，一般我們把這種現象叫“平板計數異常”。有研究者估計只有1%的土壤細菌才能被培養，并且我們還需要準備成百上千種不同的培養基，來應對不同微生物的生長需求。
為什么大多數的微生物如此難培養呢？
部分微生物生長緩慢
在培養基上不形成克隆
它們需要一些未知的養分或者生長因子
依賴其它微生物或者宿主細胞共生
產生對自身作用的毒素
部分微生物是寡營養類型，高營養會致死
它們在休眠期
它們需要持續供給生長底物
但即使這樣，依靠稀釋涂平板方法獲得微生物類群種類還是比較低，為什么許多微生物不在瓊脂培養基上生長呢？
培養基制備要求：
培養基制備的質量將直接影響微生物生長。因為各種微生物對其營養要求不*相同，培養目的的不同，各種培養基制備要求如下：
1、根據培養基配方的成分按量稱取，然后溶于蒸餾水中，在使用前對應用的試劑藥品應進行質量檢驗。
2、PH 測定及調節：PH測定要在培養基冷至室溫時進行，因在熱或冷的情況下，其PH有一定差異，當測定好時，按計算量加入堿或酸混勻后，應再測試一次。培養基 PH值一定要準確，否則會影響微生物的生長或影響結果的觀察。但需注意因高壓滅菌可影響一些培養基的 PH 降低或升高，故不宜滅菌壓力過高或次數太多，以免影響培養基的質量，指示劑、去氧膽酸鈉、瓊脂等一般在調完PH后再加入。
3、培養基需保持澄清，便于觀察細菌的生長情況，培養基加熱煮沸后，可用脫脂棉 花或絨布過濾，以除去沉淀物，必要時可用雞蛋白澄清處理，所用瓊脂條要預先洗凈晾干后使用，避免因瓊脂含雜質而影響透明度。
4、盛裝培養基不宜用鐵、銅等容器，使用洗凈的中性硬質玻璃容器為好。
5、培養基的滅菌既要達到*滅菌目的，又要注意不因加熱而降低其營養價值，一般121℃15min即可，如為含有不耐高熱物質的培養基如糖類、血清、明膠等，則應采用低溫滅菌或間歇法滅菌，一些不能加熱的試劑如亞碲酸鉀、卵黃、TTC、抗菌素等，待基礎瓊脂高壓滅菌后涼至50℃左右再加入。
6、每批培養基制備好后，應做無菌生長試驗及所檢菌株生長試驗。如果是生化培養 基，使用標準菌株接種培養，觀察生化反應結果，應呈正常反應，培養基不應貯存過久，必要時可置4℃冰箱存放。
7、目前各種干燥培養基較多，每批需用標準菌株進行生長試驗或生化反應觀察，各種培養基用相應菌株生長試驗良好后方可應用，新購進的或存放過久的干燥培養基，在配制時也應測PH，使用時需根據產品說明書用量和方法進行。
8、每批制備的培養基所用化學試劑、滅菌情況及菌株生長試驗結果、制作人員等應做好記錄，以備查詢。
